La secretaría de finanzas se encarga de la gestión de los fondos con los que cuenta la federación para su funcionamiento. Son dos las líneas fundamentales de actuación: por una lado, hacer frente a los gastos de gestión, que se realizan en cumplimiento de los acuerdos adoptados en los comicios orgánicos y cuya ejecución corresponde al secretariado permanente. Por otro, gestionar las aportaciones que reciben los sindicatos federados, para distintas finalidades (acción sindical, elecciones, expansión y consolidación, etc.) La transparencia e integridad son los principios que rigen el funcionamiento de esta secretaría, en su firma compromiso contra el conflicto de interés y a favor de la eficiencia en la gestión de los recursos comunes.